Η Μεσογειακή φώκια καταγράφεται ως «ευάλωτο» είδος στην Κόκκινη Λίστα Απειλούμενων Ειδών της IUCN, με παγκόσμιο πληθυσμό που εκτιμάται κάτω από 1.000 φώκιες. Η Ελλάδα φιλοξενεί τον μεγαλύτερο από αυτούς, με περίπου 400 φώκιες να κατανέμονται σε απομονωμένα νησιά και ακτές. Σημαντικοί πυρήνες του πληθυσμού βρίσκονται στις Βόρειες Σποράδες, στο νησιωτικό σύμπλεγμα Κιμώλου–Πολυαίγου, στη Γυάρο στις Κυκλάδες, καθώς και σε περιοχές των Ιονίων Νήσων. Οι φώκιες προτιμούν δυσπρόσιτες, απομονωμένες θαλάσσιες σπηλιές με υποθαλάσσιες εισόδους, όπου γεννούν και ξεκουράζονται, εξασφαλίζοντας έτσι προστασία από την ανθρώπινη όχληση. Από τα τέλη της δεκαετίας του 1980, περιβαλλοντικές οργανώσεις παρακολουθούν με συνέπεια αυτούς τους πληθυσμούς, καταγράφοντας τις τάσεις τους και προωθώντας την προστασία των κρίσιμων βιοτόπων τους.

Καθώς η Μεσογειακή φώκια παρουσιάζει σημάδια αργής ανάκαμψης, νέες προκλήσεις αναφύονται. Η αυξανόμενη επαφή με τον άνθρωπο, ιδίως σε περιοχές έντονης τουριστικής δραστηριότητας, επιφέρει αυξημένους κινδύνους τόσο για τα σπάνια αυτά θαλάσσια θηλαστικά όσο και για τους ευαίσθητους βιότοπούς τους. Η Ελλάδα, που αποτελεί το βασικό καταφύγιο του είδους, έχει θέσει υπό προστασία σχεδόν το 20% των χωρικών υδάτων της. Ωστόσο, πολλά από αυτά τα προστατευόμενα οικοσυστήματα — ιδίως εντός του δικτύου Natura 2000 — εξακολουθούν να υστερούν σε ολοκληρωμένα σχέδια διαχείρισης και αποτελεσματικά μέσα επιβολής, τα οποία είναι απαραίτητα για την εξασφάλιση πραγματικής και μακροπρόθεσμης προστασίας..